五四运动爆发后，北洋政府将矛头对准了北大校长蔡元培和《新青年》的两位主帅陈独秀和李大钊。为了暂避风头，蔡元培被迫辞去北京大学校长一职，秘密南下浙江，隐居杭州。陈独秀和李大钊则与《新青年》的编辑们暗自着手准备唤醒民众。
五四运动年6月11日，五四运动爆发一个多月后，陈独秀和《新青年》编辑部的高一涵、北京大学理科教授王星拱、北京大学预科教授程演生、内务部会事邓初一起在北京前门外珠市口西边的一家川菜馆里聚餐。只见他们边用餐边低声细语，像是在商量着什么事情，而且这几个人的身上要么是衣襟鼓起，要么是带着一个手提包，里面好像是装着什么重要东西。
茶足饭饱之后天色已黑，王星拱、程演生朝另外三人点点头先走了，他们俩前往城南游艺园，因为事先已经约好的李大钊在那儿等着他们。而陈独秀和高一涵、邓初则一起出门，朝着游艺场“新世界”走去。
“新世界”是模仿上海的“大世界”建造的，一共四层坐落于香厂路与万明路的交叉口。平时里面有唱小曲的，说相声的，演京戏的，放电影的，卖瓜子的，吃包子的，喝茶的，人声嘈杂，熙熙攘攘，非常热闹。
陈独秀实际上，当陈独秀他们走进“新世界”的大门时，有几个黑影也随着他们闪了进去。陈独秀三人进门之后就四散开来，邓初进入茶室，又走进戏园。陈独秀和高一涵四处看了看，见灯光明亮如昼，就都摇了摇头朝楼上走去。
高一涵对这个地方比较熟悉，就带着陈独秀来到了四楼楼顶的屋顶花园。这个屋顶花园是盛夏时用来纳凉的，现在还未到纳凉的时候，上面空荡荡的，一片漆黑。他们从屋顶花园的边缘伸出头来瞧了瞧，看见第四层的露台上黑压压一大群人，都正在观看露天电影呢。
陈独秀很是兴奋，确定这是一个绝佳的好地方，于是他从怀里掏出那鼓鼓囊囊的一沓东西朝下面一撒，顿时这些东西像天女散花一般漫天飞舞。下面的人们正在聚精会神地盯着露天银幕，忽然看到从上面飘下来的东西立即就骚乱起来，人们趁着夜色看到原来飘下来的是一张张纸片，就都你争我夺地抢着看看上面到底写了什么。
《北京市民宣言》趁着人群骚乱和秩序大乱，陈独秀又甩出了一大沓纸片。这时，黑暗中突然窜出一个人对陈独秀说给他一张，陈独秀也没多想就随手给了一张。那人借着亮光定睛一看，只见上面的标题是《北京市民宣言》。猛然间，那人高声喊道：“是这个，就是这个！”这时一下子从暗处扑出几个黑影，一拥而上扭住了陈独秀。
原来这些黑影是北洋政府密探，也是一直跟随陈独秀他们进来的那些人。陈独秀当天带着一顶白色草帽，本来是为了掩人耳目不让别人认出自己，谁知他早就被人盯上了，这顶白色草帽反而给跟踪他的密探带来了莫大的方便。即使在人群簇拥之中，也能很容易找到这顶白色草帽，密探们已经盯了陈独秀多时了。
高一涵眼见情况不妙，窜上天桥就跑，密探们看到后大喊：“还有一个！那边还有一个！”高一涵在情急之下，把怀里的传单一股脑儿从天桥上撒下，然后跑过天桥，扔掉长衫、草帽，下了楼，钻进混乱的人群里。这样才把尾随抓捕的密探甩掉了。
高一涵高一涵跑到楼下看到邓初还在台球场发传单呢，就连忙告诉他陈独秀被捕了，邓初听到后还在将信将疑的时候，陈独秀就被一群密探簇拥着押下楼来。只见陈独秀边走边大声高喊：“暗无天日，竟敢无故捕人！”其实他这样高声大喊，为的是让高一涵和邓初赶快逃走躲避起来。
逮捕了陈独秀后，北洋政府军警又闯进陈独秀在北京大学附近箭杆胡同九号的公寓，将《新青年》编辑部和陈独秀的材料和信件全都查收了。
而当天夜里在城南游艺园散发《北京市民宣言》传单的李大钊在得知陈独秀被捕的消息后万分焦急。李大钊找来北京大学德文班的学生罗章龙等人，让他们以北京学生的名义发电报给上海学生，把陈独秀被捕的消息散发出去，动员舆论给政府施压营救陈独秀。
6月13日，陈独秀被捕的消息开始见诸于北京《晨报》，之后全国各大其他报纸诸如《民国日报》、《申报》、《时报》都纷纷披露，一时间激起众怒，各地纷纷抗议抨击北洋政府。
李达李达在《民国日报》上发表《陈独秀与新思想》一文，语言犀利，慷慨激昂：
“……捕去的陈先生，是一个“肉体的”陈先生，并不是“精神的”陈先生，“肉体的”陈先生可以捕得的，“精神的”陈先生是不可捕得的。……”
毛泽东在《湘江评论》上也写了《陈独秀之被捕及营救》一文，高度赞扬陈独秀是“思想界的明星”。
孙中山在上海会见徐世昌派出的和谈代表时也很尖锐地提到了陈独秀被捕之事，并坚决要求徐世昌释放陈独秀。
在各方舆论的重压下，京师警察厅在关押了陈独秀九十八天之后，由安徽同乡作保，释放了陈独秀。李大钊在得知陈独秀获释后，热烈欢呼、欣喜若狂，执笔写了一首诗，题目就叫《欢迎独秀出狱》。
李大钊陈独秀出狱之后，中断了近四个月的《新青年》杂志又和大家见面了。
然而几个月后京师警察厅又盯上了陈独秀，准备再次逮捕他。原因主要是因为几篇关于陈独秀的报道引起的：
《陈独秀在武汉文华学校演讲〈社会改造的方法与信仰〉》；
《陈独秀在武昌高等师范学校演讲〈新教育的精神〉》；
《湖北官吏对陈氏主张之主义大为惊骇，令其休止演讲，速离武汉》；
《陈独秀深愤湖北当局压迫言论自由》；
……
原来年1月份的时候，陈独秀应邀离开北京去了上海，到上海后又应胡适的推荐，去了武汉，在华中地区的几所大学做了几场演讲，本来这几所大学是邀请胡适去做演讲的，但是胡适在北京走不开就推荐了陈独秀去。演讲进行了四天后，陈独秀乘火车返回北京，他不知道警察已经在他家门口安排了人，就等他一回家实施逮捕。
警察厅长在报纸上看到陈独秀四处演讲也是惊讶不已，因为在他们眼里，陈独秀仍是保释之人，每个月都要到警察厅报到，在北京的活动尚且受到限制和约束，怎么能竟然还不报备，擅自离京，四处演讲，宣传“主义”更是不被允许的。因此，这次准备重新逮捕陈独秀。
《新青年》在北京大学校园里，李大钊手里拿着陈独秀发来的要乘火车回北京的电报是焦急万分，因为已经早有学生报信，告诉他陈独秀家门口有警察站岗，正张网等着逮捕陈独秀呢。他把《新青年》编辑部的高一涵和几个学生叫到家中，商议着如何应对警察设置的圈套。
在北京西站，陈独秀刚下火车一位学生便迎上去叫住他，并递上李大钊的亲笔信。陈独秀此时才知道警察正在他家门口等着他呢。陈独秀只得跟着那位学生前往北京大学教授王星拱的家，李大钊和高一涵已经在那里等着他了。
李大钊劝陈独秀赶紧离开北京，到外面避一避风头，并且说如果他这次再被逮捕，就很难再出来了。陈独秀随即决定去上海汪孟邹家里住上一阵子。
第二天，一辆带着车蓬的骡车停在了王星拱的家门口，假扮成“账房先生”的李大钊已经在车上了，这时陈独秀穿着向王星拱家的厨师借来的油光发亮的背心和毡帽，假扮成“账房先生”的手下，也上了骡车，他们都躲进了车蓬里。
陈独秀与李大钊这个时候将近春节，李大钊还真的在随身带的手提袋里装了几册账本，看着就更像年前收账的先生了，这样以便应付路上的检查。他们的计划是先乘骡车一起去天津，然后陈独秀再从天津乘船去上海。骡车虽然慢，但是走的是小道，可以躲过警察的搜捕。
在去往天津的路上，两位历史伟人在这辆骡车上谈论了很多，当然最主要的还是建党的问题。李大钊对陈独秀说：
“是该建立中国共产党了！建立中国的布尔什维克！我着手在北京做建党的准备，你在上海做建党的准备。”
他们二人在这辆不断摇晃的骡车上商量着如何建立中国共产党这样既严肃又重大的事情，包括中国共产党的性质、任务、党纲等等内容。这就是后来被历史学家们盛赞的“南陈北李，相约建党”的那段佳话。